הדור השני מגיע לקלפים
עידן Neo מלווה את Pokémon Gold ו-Silver ואת אזור Johto. הוא נפתח ב-Neo Genesis בדצמבר 2000, עדיין בהוצאת , ונגמר ב-Neo Destiny בפברואר 2002. כל ארבעת סטי Neo הודפסו גם ב-.
Neo Genesis, עם 111 קלפים, הביא בהולו את Lugia ואת השלב האחרון של שלושת פוקימוני הפתיחה החדשים: Meganium, Typhlosion ו-Feraligatr. הוא גם הכניס למשחק כמה דברים שנשארו בו:
- Darkness ו-Metal: שני סוגים חדשים, עם קלפי האנרגיה המיוחדים Darkness Energy ו-Metal Energy.
- פוקימוני תינוק (Baby Pokémon): Pichu, Cleffa, Elekid ו-Magby. כשתינוק נמצא בעמדה הפעילה, היריב צריך להטיל מטבע כדי לתקוף אותו, ואם יוצא עץ התור שלו נגמר בלי התקפה.
- כלים (Pokémon Tool): קלפים שמחברים לפוקימון והם נשארים עליו, כמו Focus Band ו-Gold Berry.
שאר הסטים: Shining, Light ו-Dark
- Neo Discovery (יוני 2001): Espeon, Umbreon ו-Tyranitar, וגם Unown באותיות שונות.
- Southern Islands (יולי 2001): סט קטן של 18 קלפים, בלי 1st Edition.
- Neo Revelation (ספטמבר 2001): Ho-oh, Celebi ושלישיית Entei, Raikou ו-Suicune. בסוף הסט מחכים Shining Gyarados ו-Shining Magikarp, פוקימונים בצבעים החלופיים שהיום קוראים להם .
- Neo Destiny (פברואר 2002): פוקימוני Dark חוזרים, לצדם פוקימוני Light החדשים, ושמונה , ביניהם Shining Charizard ו-Shining Mewtwo.
Dark בשם, Darkness בסוג
קל להתבלבל כאן. פוקימון עם Dark בשם, כמו Dark Houndoom מ-Neo Destiny או Dark Raichu מ-Team Rocket, שומר על הסוג הרגיל שלו: Dark Houndoom הוא Fire. הסוג Darkness שייך לפוקימונים כמו Murkrow ו-Sneasel מ-Neo Genesis. הקשר ביניהם מופיע על Darkness Energy עצמה: בסוף כל תור היא שמה סימן נזק על הפוקימון שהיא מחוברת אליו, חוץ מפוקימוני Darkness ופוקימונים עם Dark בשם.
טיפקלף Shining מזהים גם לפי המספר שלו, שגבוה מהמניין של הסט. Shining Charizard, למשל, ממוספר 107/105. כך גם Shining Gyarados, שממוספר 65/64.