מפיץ חדש ודור שלישי
אחרי Skyridge עברה ההוצאה של הקלפים באנגלית מ- ל-Pokémon USA, החברה שנקראת היום The Pokémon Company International. הסט הראשון, Ruby & Sapphire, עם 109 קלפים, יצא ביוני 2003 והביא לקלפים את הדור השלישי, פוקימוני Hoenn. העידן נמשך כמעט ארבע שנים ו-16 סטים, עד Power Keepers בפברואר 2007, ואין בו הדפסות .
Pokémon-ex ושני קלפי פרס
Ruby & Sapphire הציג את Pokémon-ex, עם ex באותיות קטנות אחרי השם, כמו Mewtwo ex. בדרך כלל יש להם יותר HP והתקפות חזקות יותר, אבל כשהם מודחים () היריב לוקח שני (Prize cards) במקום אחד. ב-2023 השם חזר בעידן Scarlet & Violet בתור Pokémon ex. ההבדלים בין הדורות מוסברים במדריך לסוגי הקלפים.
Gold Star, δ והחזרה של צוות רוקט
- Team Rocket Returns (נובמבר 2004) החזיר את פוקימוני Dark ואת Rocket's, והציג את קלפי הראשונים באנגלית: Torchic, Mudkip ו-Treecko עם כוכב ☆ אחרי השם. קלפי Gold Star הופיעו מאז ברוב הסטים עד סוף העידן.
- FireRed & LeafGreen (ספטמבר 2004) החזיר את הדור הראשון, עם Charizard ex, Blastoise ex ו-Venusaur ex.
- Delta Species (אוקטובר 2005) הציג את פוקימוני δ, שמופיעים בסוג שונה מהרגיל. Beedrill δ, למשל, הוא גם Grass וגם Metal. פוקימוני δ המשיכו עוד ארבעה סטים.
- Dragon Frontiers (נובמבר 2006) היה הסט האחרון בעידן עם פוקימוני δ, ובו Charizard ☆ δ.
טיפקלף Gold Star מזהים לפי הכוכב ☆ אחרי שם הפוקימון, ופוקימון δ לפי הסמל δ ליד השם. כשקונים כאלה ביד 2, בדקו שהמספר על הקלף מתאים לרשימת הסט.